Le premier siège fut constitué par l’ancienne prison du XVIIe siècle des Carceri Nuove de la via Giulia, construite par le pape Innocent X et qui représentait la pièce maîtresse de la politique pénitentiaire de l’État pontifical.
Le Musée criminologique de Rome était divisé en plusieurs sections : section du crime (avec des objets relatifs à différentes typologies de délits, de la falsification au meurtre) – activités de l’État contre les délinquants (avec la représentation des techniques d’enquête) – exécution des peines et des mesures de sécurité (objets provenant des prisons appelés de manière suggestive « malices carcérales », c’est-à-dire des stratagèmes inventés par les détenus pour cacher des armes, s’évader, ou commettre des actes d’automutilation) et enfin une section historique contenant des arrêtés et édits, des instruments de torture et d’exécution capitale.
En 1968, le Musée criminel fut démantelé pour affecter les locaux des Carceri Nuove à un autre usage, et depuis 1975 il est hébergé dans le Palazzo del Gonfalone, un bâtiment datant de 1827, construit par le pape Léon XII pour en faire une maison de correction pour les jeunes mineurs provenant de la prison clementine située près de l’hospice apostolique de Saint-Michel.
Le Musée criminologique constitue un précieux témoignage historique sur les systèmes punitifs du passé et un outil didactique pour les écoles et les instituts de formation.
