Der erste Standort befand sich im alten sechzehnten Gefängnis der Neuen Gefängnisse in der Via Giulia, das von Papst Innozenz X errichtet wurde und den Höhepunkt der Strafpolitik des Kirchenstaates darstellte.
Das Kriminalmuseum von Rom gliederte sich in verschiedene Abteilungen: Abteilung für Verbrechen (mit Fundstücken zu verschiedenen Arten von Straftaten, vom Betrug bis zum Mord) – staatliche Aktivitäten gegen Straftäter (mit der Darstellung von Ermittlungstechniken) – Vollstreckung von Strafen und Sicherheitsmaßnahmen (Gegenstände aus Gefängnissen, die anschaulich als “Gefängnislisten” bezeichnet wurden, also Tricks, die von Gefangenen erfunden wurden, um Waffen zu verstecken, zu fliehen oder Selbstverletzungen vorzunehmen) und schließlich eine historische Abteilung mit Bekanntmachungen und Erlassen, Folterwerkzeugen und Hinrichtungsinstrumenten.
1968 wurde das Kriminalmuseum aufgelöst, um die Räumlichkeiten der Neuen Gefängnisse anderweitig zu nutzen, und seit 1975 befindet es sich im Palazzo del Gonfalone, einem Gebäude aus dem Jahr 1827, das von Papst Leo XII errichtet wurde, um dort eine Erziehungsanstalt für jugendliche Straftäter unterzubringen, die aus dem Clementino-Gefängnis im Apostolischen Hospiz San Michele kamen.
Das Kriminalmuseum stellt ein wertvolles historisches Zeugnis über frühere Strafsysteme dar und ist ein pädagogisches Werkzeug für Schulen und Bildungseinrichtungen.
