A primeira sede foi estabelecida na antiga prisão do século XVII, as Carceri Nuove, na Via Giulia, construída pelo Papa Inocêncio X, e que representava a joia da política penitenciária do Estado Pontifício.
O Museu Criminológico de Roma era dividido em várias seções: seção do crime (com objetos relacionados a diferentes tipos de delitos, desde falsificação até assassinato) – atividade estatal contra criminosos (com a representação das técnicas investigativas) – execução das penas e medidas de segurança (objetos provenientes das prisões, definidos de maneira sugestiva como “malícias carcerárias”, ou seja, artifícios inventados pelos detentos para ocultar armas, fugir ou praticar atos de autolesão) e, por fim, uma seção histórica contendo éditos, instrumentos de tortura e execução capital.
Em 1968, o Museu Criminal foi desmantelado para destinar os locais das Carceri Nuove para outro uso, e desde 1975 está alojado no Palazzo del Gonfalone, um edifício datado de 1827, construído pelo Papa Leão XII para servir como casa de correção para jovens menores vindos da prisão Clementina, localizada no Hospício Apostólico de São Miguel.
O Museu Criminológico constitui um precioso testemunho histórico sobre os sistemas punitivos do passado e uma ferramenta didática para escolas e institutos de formação.
