Il museo, surgido da divisão do Gabinete das Ciências da Universidade desejada por Carlo Farini em 1860, está localizado na sede atual – no Instituto Universitário de Zoologia – desde 1933. Os exemplares expostos, cerca de oito mil entre vertebrados e invertebrados, provêm em parte das coleções de Aldrovandi, Cospi e Marsili, e em parte se relacionam às diferentes fases de ampliação do museu. O arranjo, enriquecido com dioramas, aprofunda temas específicos (os parques nacionais, a caça e os animais extintos ou em extinção).
É, tanto em área extensa quanto em coleções expostas e conservadas, um dos museus zoológicos mais importantes da Itália. Introduzido por uma visita aos parques nacionais do Abruzzo e do Gran Paradiso, por meio de dioramas (entre os primeiros idealizados a nível nacional), o percurso expositivo propõe uma série de seções temáticas. São particularmente interessantes aquelas dedicadas respectivamente à caça (ilustrada tanto através das técnicas de captura e reconhecimento das pegadas, o processamento dos couros e outras atividades conexas quanto pela presença dos “troféus”), e aos animais extintos ou em extinção. Também importante é a seção que ilustra o progresso da complexidade organizacional nos vários grupos animais.
Extremamente vasto é o repertório dos exemplares presentes no setor ornitológico do museu. O instituto de Zootecnia, localizado a uma curta distância do museu, conserva ao longo do corredor de entrada três vitrines com exemplares taxidermizados de avifauna de criação, aves domésticas, pombos e alguns achados e modelos relativos à cunicultura. Foram objeto de reorganização e implementação as coleções entomológicas e malacológicas.
