Il museo, sorto dalla divisione del Gabinetto delle Scienze dell’Università voluta da Carlo Farini nel 1860, si trova nella sede attuale – presso l’Istituto universitario di Zoologia – dal 1933. Gli esemplari esposti, circa ottomila tra vertebrati e invertebrati, provengono in parte dalle collezioni di Aldrovandi, Cospi e Marsili, ed in parte si legano alle diverse fasi di ampliamento del museo. L’allestimento, arricchito da diorami, approfondisce temi particolari (i parchi nazionali, la caccia e gli animali estinti o in via di estinzione).
E’, sia come superficie estensiva, sia come collezioni esposte e conservate, uno dei musei zoologici più importanti d’Italia. Introdotto da una visita ai parchi nazionali d’Abruzzo e del Gran Paradiso, mediante diorami (tra i primi ideati a livello nazionale), il percorso espositivo propone una serie di sezioni tematiche. Particolarmente interessanti sono quelle dedicate rispettivamente alla caccia (illustrata sia attraverso le tecniche di cattura e riconoscimento delle tracce, la lavorazione delle pelli e altre attività connesse che con la presenza dei “trofei”), e agli animali estinti o in via di estinzione. Non meno importante è la sezione che illustra il progredire della complessità organizzativa nei vari gruppi animali.
Vastissimo è il repertorio degli esemplari presenti nel settore ornitologico del museo. L’istituto di Zootecnia, che sorge a breve distanza dal museo, conserva lungo il corridoio d’ingresso tre vetrine con esemplari tassidermizzati di avifauna da allevamento, pollame, piccioni e qualche reperto e modello relativi alla cunicultura. Sono state oggetto di riordino e implementazione le raccolte entomologiche e malacologiche.
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