El museo, surgido de la división del Gabinete de Ciencias de la Universidad promovida por Carlo Farini en 1860, se encuentra en la sede actual – en el Instituto Universitario de Zoología – desde 1933. Los ejemplares expuestos, aproximadamente ocho mil entre vertebrados e invertebrados, provienen en parte de las colecciones de Aldrovandi, Cospi y Marsili, y en parte están vinculados a las diferentes fases de ampliación del museo. La exposición, enriquecida con dioramas, profundiza en temas particulares (los parques nacionales, la caza y los animales extinguidos o en peligro de extinción).
Es, tanto por su superficie extensa como por las colecciones expuestas y conservadas, uno de los museos zoológicos más importantes de Italia. Introducido por una visita a los parques nacionales de Abruzzo y del Gran Paradiso, mediante dioramas (entre los primeros ideados a nivel nacional), el recorrido expositivo propone una serie de secciones temáticas. Resultan especialmente interesantes aquellas dedicadas a la caza (ilustrada tanto a través de las técnicas de captura y reconocimiento de rastros, el trabajo de las pieles y otras actividades relacionadas como por la presencia de los “trofeos”), y a los animales extinguidos o en peligro de extinción. No menos importante es la sección que ilustra el progreso de la complejidad organizativa en los distintos grupos animales.
Amplísimo es el repertorio de ejemplares presentes en el sector ornitológico del museo. El instituto de Zootecnia, que se encuentra a poca distancia del museo, conserva a lo largo del pasillo de entrada tres vitrinas con ejemplares taxidermizados de avifauna de cría, aves de corral, palomas y algunos restos y modelos relativos a la cunicultura. Han sido objeto de reordenación e implementación las colecciones entomológicas y malacológicas.
