该藏书的原始核心是由院长弗朗切斯科的图书馆组成，他于1703年在罗马去世，生前指示将位于孔多蒂街宫殿中的藏书捐赠，用于建立一个公开图书馆，因为他去世时佛罗伦萨尚无此类机构。
这座建筑是全新建成的，没有改建现有建筑，这与17至18世纪开放的许多图书馆不同。
建筑由创始人的侄子亚历山德罗·马鲁切利完成，他也捐赠了自己的藏书，并任命安杰洛·玛丽亚·班迪尼为馆长，班迪尼管理图书馆约五十年。历任馆长中值得纪念的有弗朗切斯科·德尔·富里亚、圭多·比阿吉、德西德里奥·基洛维和恩里科·亚希尔，他们在国际上同样有突出贡献。
1783年，在班迪尼的领导下，来自家族最后一位代表弗朗切斯科·迪·鲁贝尔托的绘画与版画收藏被纳入马鲁切利亚纳图书馆。随后，随着修道院、大公及拿破仑时期的关闭，及1866年意大利王国初期的关闭，图书馆藏书得到了大量增加。其中包括当前拥有的大部分16世纪印刷本及早期印刷品。
19世纪下半叶及20世纪初，图书馆接收并形成了多个历史、艺术、文学和政治性质的收藏，如马泰利遗赠、博纳米奇收藏、南乔尼书信集和工业艺术等。
根据1910年的法律规定，强制规定印刷品存放，马鲁切利亚纳开始接收佛罗伦萨省内四个区——佛罗伦萨、皮斯托亚、圣米尼亚托和罗卡·圣卡西亚诺的出版物。至今，图书馆依然是佛罗伦萨及其周边地区出版物的接收机构。
