Первое помещение музея располагалось в старой шестнадцатого века тюрьме Карчери Нуово на улице Виа Джулия, построенной папой Иннокентием X, которая стала жемчужиной пенитенциарной политики Папского государства.
Криминологический музей Рима был организован в несколько разделов: раздел преступления (с экспонатами, связанными с различными видами преступлений — от подделки до убийства) — государственная деятельность против преступников (с демонстрацией следственных техник) — исполнение наказаний и мер безопасности (предметы из тюрем, названные образно «тюремными хитростями», то есть уловками заключённых для сокрытия оружия, побега, нанесения себе вреда) и наконец исторический отдел с указами и эдиктами, орудиями пыток и казни.
В 1968 году Криминологический музей был ликвидирован, чтобы освободить помещения Карчери Нуово для других целей, а с 1975 года он располагается в Дворце Гонфалоне, здании 1827 года, построенном папой Львом XII как исправительный дом для малолетних правонарушителей, пришедших из клементино, находящегося при апостольском приюте Сан Микеле.
Криминологический музей является ценным историческим свидетельством систем наказания прошлого и учебным инструментом для школ и учебных заведений.
