De eerste locatie was de oude zestiende-eeuwse gevangenis Carceri Nuove in de via Giulia, gebouwd op initiatief van Paus Innocentius X en die het paradepaardje van het strafbeleid van de Kerkelijke Staat vertegenwoordigde.
Het Criminologisch Museum van Rome was verdeeld in verschillende secties: misdaadsectie (met voorwerpen gerelateerd aan diverse soorten misdrijven, van vervalsing tot moord) – staatsactiviteiten tegen misdadigers (met de weergave van onderzoekstechnieken) – uitvoering van straffen en veiligheidsmaatregelen (voorwerpen afkomstig uit gevangenissen, op suggestieve wijze aangeduid als “gevangenislistigheden”, oftewel trucs bedacht door gedetineerden om wapens te verbergen, te ontsnappen of zelfverwonding toe te brengen) en tenslotte een historische sectie met proclamaties en edicten, folterwerktuigen en doodstrafmiddelen.
In 1968 werd het Criminologisch Museum ontmanteld om de ruimtes van de Carceri Nuove voor ander gebruik beschikbaar te stellen, en sinds 1975 is het gehuisvest in het Palazzo del Gonfalone, een gebouw uit 1827, gebouwd door Paus Leo XII om te dienen als heropvoedingshuis voor minderjarige jongeren afkomstig uit de Clementijnse gevangenis gelegen bij het apostolisch gesticht van San Michele.
Het Criminologisch Museum vormt een waardevolle historische getuigenis over de strafsystemen uit het verleden en een educatief hulpmiddel voor scholen en opleidingsinstituten.
