Государственный архив Неаполя возник как «Генеральный архив королевства» по королевскому декрету от 22 декабря 1808 года с целью объединения в одном помещении древних архивов учреждений, существовавших до прибытия Джузеппе Бонапарта в Неаполь в 1806 году.
В архив были сосредоточены материалы Королевской палаты Соммарии, к которой относились тома кадастров “онциариев” всех муниципалитетов королевства, Канцелярии, Государственные секретариаты вице-королевской эпохи, высших консультативных органов государства (Сопутствующий совет, Королевская палата святой Клары), Главного капеллана и высших судебных органов государства (Священный королевский совет, Верховный суд Викиарии), а также документы многих других государственных ведомств.
После реставрации Бурбонов в 1815 году название изменилось на «Великий архив королевства», был введен принцип, что в архив должны регулярно поступать не только документы упраздненных администраций, но и действующих. С 1860 года архив значительно пополнился за счет поступления актов бурбонских министерств и других центральных учреждений, таких как Государственный совет и Верховный счетный суд.
Первым директором после Объединения стал экономист и журналист Франческо Тринчера, который, опираясь на предшествующую ценную работу архивиста Микеле Баффи, подготовил издание Отчета неаполитанских архивов (1872) — первой и во многих отношениях по сей день ценной систематической руководства по источникам Государственного архива Неаполя. Его сменили выдающиеся ученые, такие как Камилло Миниери Риччио (1874-1882), прежде всего Бартоломео Капассо (1882-1900) и Эудженио Казанова (1907-1915), автор знаменитого руководства по архивоведению и объёмного отчёта о Государственном архиве Неаполя за период 1899-1909, опубликованного в 1910 году.
Дирекция Риккардо Филанджери ди Кандида (1934-1956), в период которой началось приобретение частных архивов, совпала, к сожалению, с самым трагичным периодом для истории нашей страны и её архивов; государственный архив Неаполя пострадал больше всех в годы войны, так как значительная часть ценных древних документов, хранившихся в депо под Нолой для защиты от бомбардировок, была уничтожена отступающим немецким отрядом в сентябре 1943 года.
В XX веке архив, потеряв статус архива столицы, начал принимать документы от провинциальных и местных органов, таких как Префектура, Полиция и Окружной налоговый офис, включая акты, относящиеся к так называемому временного кадастру Неаполя, введённому Мюратом в 1809 году и просуществовавшему до 1914 года. Первый этаж Монастыря Святых Северина и Соссио, в котором находится Государственный архив Неаполя, является музейной зоной Государственного архива Неаполя.

Сердце института — здесь расположены Главный читальный зал, Зал инвентарей и Приемная — также для монахов это был центр общины. Его четыре великолепных клуатра ритмично организовывали жизнь; Зал капитула, расписанный Белизарио Коренцио в начале XVII века сложным христологическим циклом, служил местом обсуждений и споров; большой Трапезный зал, впечатляющий и внушительный, был сердцем повседневной жизни монашеской общины.
Здесь встречаются разные эпохи и функции: монастырь, архив XIX века, современное культурное учреждение. Визит в Государственный архив Неаполя сегодня ограничен помещениями первого этажа. Виртуальный тур же открывает двери «Секретного архива»: мест обычно недоступных, занятых офисами или складами документов, которые, несмотря на назначение, скрывают художественные и архивные ценности немалой важности.
Третий этаж демонстрирует реликвии римской эпохи, точные приборы XIX века и самый древний «экспонат» Архива — Каменную хартии, в характерном сочетании документов и памятников, выделяющем монастырский комплекс Святых Северина и Соссио. На четвёртом этаже учреждения размещены монументальные залы для хранения документов: некоторые из них были построены в первой половине XIX века. Эти залы, не включённые в обычные маршруты посещения института, представлены как из-за значимости хранимого фонда, так и благодаря интересным и разнообразным решениям по устройству архивных стеллажей.

