Рождение Библиотеки Валличеллиана в Риме тесно связано с фигурой Филиппо Нери и Конгрегацией Ораториума. Основана в 1565 году и официально признана Григорием XIII в 1575 году буллой Copiosus in misericordia. Ораторианцы уделяли особое внимание книгам: согласно Правилу, прием пищи должен был сопровождаться чтением и обсуждением религиозного текста.
Первоначальная библиотечная коллекция состояла из произведений, принадлежавших Филиппо Нери, которые после его смерти в 1595 году перешли в собственность Конгрегации.
Библиотека Валличеллиана уже подтверждена документально в 1581 году благодаря завещательному пожертвованию Ахилла Стацио (Аквилеса Эстацо) в пользу Филиппо Нери и Конгрегации Ораториума: 1700 печатных томов и 300 рукописей.
К первым двум фондам позднее добавляются другие пожертвования, такие как архив и часть библиотеки Святого Иоанна в Венеции (1585); библиотека кардинала Сильвио Антоньяно, книги Пьера Морена и ораторианца Иовенале Анчина, епископа Салузо (1604); рукописи из Святого Евтиция благодаря вмешательству аббата Джакомо Кресченци и коллекция отца Антонио Галльонио, первого биографа Филиппо Нери (1605).
Пик культурной активности общины ораторианцев в XVII веке связан с публикацией Annales Ecclesiastici Цезаря Баронио, Подземного Рима Антонио Бозио, подготовленного отцом Антонио Северано, и распространением Музыкального Ораториума, духовной формы развлечения, предпочитаемой Филиппо Нери, который считал музыку ловцом душ.
В 1607 году, после смерти кардинала Цезаря Баронио, часть его библиотечной коллекции перешла к библиотеке Конгрегации; в 1662 году поступил фонд Виргилио Спады, состоящий из коллекции монет, минералов, майолики и курьёзов.
В 1669 году в библиотеку передан рукописный фонд греческого интеллектуала Леона Аллачи, хранителя Ватиканской библиотеки, состоящий из около 237 латинских и греческих рукописей. Позднее были приняты наследия ораторианских отцов Одорико Ринальди, Джакомо Ладеркьи, Джузеппе Бианкини, наследника ученого Франческо Бианкини.
Во время французской оккупации Рима (1797–1799) библиотека, как и многие другие места, пострадала от серьезного разграбления: в 1810 году было потеряно 49 реликвий, часть из которых была возвращена в 1837–1838 годах.
В 1874 году, после закона о ликвидации религиозных корпораций, Валличеллиана была преобразована в публичную библиотеку; в 1876 году ликвидационная комиссия церковного фонда решила разделить документы Конгрегации между Государственным архивом Рима, самой Конгрегацией и библиотекой.
