La naissance de la Bibliothèque Vallicelliana de Rome est étroitement liée à la figure de Filippo Neri et à la Congrégation de l’Oratoire. Instituée en 1565 et officiellement reconnue par Grégoire XIII en 1575 avec la bulle Copiosus in misericordia. Les oratoriens accordaient une attention particulière aux livres : selon la Règle, les repas devaient en effet être accompagnés de la lecture et de la discussion d’un texte religieux.
La première collection de livres est constituée par les œuvres possédées par Filippo Neri, passées dans le patrimoine de la Congrégation à sa mort, en 1595.
La Bibliothèque Vallicelliana est déjà documentée en 1581 grâce au legs testamentaire d’Achille Stazio (Aquiles Estaço) en faveur de Filippo Neri et de la Congrégation de l’Oratoire : 1700 volumes imprimés et 300 manuscrits.
Aux deux premiers fonds s’ajoutent par la suite d’autres dons, tels que les Archives et une partie de la Bibliothèque de S. Giovanni in Venere (1585) ; la bibliothèque du cardinal Silvio Antoniano, les livres de Pierre Morin et ceux de l’oratorien Giovenale Ancina, évêque de Saluzzo (1604) ; les manuscrits provenant de S. Eutizio, grâce à l’intervention de l’abbé Giacomo Crescenzi, et la collection du père Antonio Gallonio, premier biographe de Filippo Neri (1605).
La phase de plus grande activité culturelle de la communauté oratorienne au XVIIe siècle est liée à la publication des Annales Ecclesiastici de Cesare Baronio, de la Rome souterraine d’Antonio Bosio, dirigée par le père Antonio Severano, et à la diffusion de l’Oratorio musical, forme de divertissement spirituel privilégiée par Filippo Neri qui considérait la musique comme une pêcheuse d’âmes.
En 1607, à la mort du cardinal Cesare Baronio, une partie de sa collection de livres est héritée par la bibliothèque de la Congrégation ; en 1662 arrive le fonds de Virgilio Spada, constitué d’une collection de monnaies, minéraux, faïences et curiosités.
En 1669, la Bibliothèque reçoit le fonds manuscrit de l’intellectuel grec Léon Allacci, gardien de la Bibliothèque du Vatican, constitué d’environ 237 manuscrits latins et grecs. Par la suite, les legs des pères oratoriens Odorico Rinaldi, Giacomo Laderchi, Giuseppe Bianchini, héritier de l’érudit Francesco Bianchini, sont intégrés.
Pendant l’occupation française de Rome (1797-1799), la Bibliothèque subit, comme d’autres lieux, un grave pillage : en 1810, 49 objets précieux furent perdus, partiellement récupérés entre 1837 et 1838.
En 1874, à la suite de la loi sur la suppression des corporations religieuses, la Vallicelliana fut transformée en bibliothèque de droit public ; en 1876, la Commission liquidatrice de l’Asse ecclésiastique décida de répartir les documents de la Congrégation entre les Archives d’État de Rome, la Congrégation elle-même et la Bibliothèque.
