罗马瓦利切利亚纳图书馆的诞生与菲利波·内里及祷告会密切相关。该馆于1565年创立，1575年由教皇格里高利十三世通过教宗诏书Copiosus in misericordia正式认可。祷告会特别重视书籍：根据规矩，饭食时间需伴随宗教文本的朗读和讨论。
第一批藏书为菲利波·内里所有的作品，1595年其去世后成为祷告会的财产。
1581年，由于阿基勒斯·斯塔齐奥（Aquiles Estaço）遗赠给菲利波·内里和祷告会，瓦利切利亚纳图书馆已有记载，该捐赠包含1700册印刷书籍和300册手稿。
随后加入了其他捐赠，如圣若望图书馆的档案和部分藏书（1585年）；红衣主教西尔维奥·安托尼亚诺的藏书，皮埃尔·莫兰和主持祷告会的乔瓦纳莱·安钦纳（萨卢佐主教，1604年）的书籍；受雅各布·克雷谢恩齐修士协助获得的圣尤蒂修手稿，以及菲利波·内里的首位传记作者安东尼奥·加洛尼奥神父的收藏（1605年）。
17世纪祷告会文化活动最为活跃时期与切萨雷·巴罗尼奥的教会纪事、安东尼奥·博西奥的地下罗马（由安东尼奥·塞维拉诺神父编辑）以及祷告会音乐的传播有关。音乐被菲利波·内里视为诱魂之渔，是一种精神娱乐形式。
1607年切萨雷·巴罗尼奥逝世后，其部分藏书由祷告会图书馆继承；1662年，维吉利奥·斯帕达的藏品来到馆内，包含金币、矿物、陶瓷和奇珍异宝。
1669年，希腊学者莱昂·阿拉奇的手稿收藏归入图书馆，他是梵蒂冈图书馆的管理员，藏有237件拉丁及希腊文手稿。随后祷告会神父奥多里科·里纳尔迪、雅各布·拉德尔基、朱塞佩·比安基尼（弗朗切斯科·比安基尼学者的继承人）的遗产也被接纳。
法国占领罗马期间（1797-1799），图书馆和其它场所一样遭受严重掠夺：1810年损失49件珍品，其中部分于1837-38年间追回。
1874年，随着宗教团体解散法案的颁布，瓦利切利亚纳图书馆转为公共图书馆；1876年，教会财产清算委员会决定将祷告会文件分配给罗马国家档案馆、祷告会和图书馆。
