La Базилика Сан-Франческо-алла-Рокка была построена начиная с 1237 года на земле, которую папа Григорий IX подарил францисканцам, а существующий ранее дворец, известный как Дворец Аллеманни и датируемый 1208 годом, был включён в конвентальный комплекс, прилегающий к церкви.
Здание было отреставрировано в XVI веке и снова в XVII веке. Эти переделки привели к барочным добавлениям, которые покрыли оригинальные романские элементы. Плита, вмурованная в фасад, информирует, что церковь, частично разрушенная союзными бомбардировками 17 января 1944 года, была восстановлена Управлением памятников Лацио и вновь открыта для публики в апреле 1953 года: восстановительные работы привели к полному удалению барочных элементов и возвращению древней романской структуры.
Особый исторический интерес представляет прилегающий монастырь, который сегодня является штаб-квартирой военного округа Витербо и в течение своей истории принимал различных святых, пап и императоров; до конфискации 1873 года здесь располагался францисканский богословский университет.
Базилика Сан-Франческо-алла-Рокка находится под управлением братии меньших конвентуалов (O.F.M.Conv.) уже много десятилетий. Фасад украшен романским порталом с завитыми колоннами; над порталом — гербы папы Пия XII, который предоставил церкви титул “малой базилики” (1949); ещё выше — три одиночных окна и глазок.
Изначально романский фасад имел также портик и был украшен несколькими фресками. На правом углу находится шестигранная кафедра, воздвигнутая в 1428 году в память о проповедовании в Витербо Святого Бернардино из Сиены. Рядом с церковью стоит колокольня с колоколом датированным 1259 годом.
