Die Basilika San Francesco alla Rocca wurde ab 1237 auf einem Grundstück errichtet, das Papst Gregor IX. den Franziskanern geschenkt hatte, und der vorhandene Palast der sogenannten Alemanni, der auf das Jahr 1208 zurückgeht, wurde in das angrenzende Klostergebäude neben der Kirche eingegliedert.
Das Gebäude wurde im Laufe des 16. Jahrhunderts und erneut im 17. Jahrhundert restauriert. Diese Renovierungen führten zu barocken Ergänzungen, die die ursprünglichen romanischen Elemente überdeckten. Eine in die Fassade eingemauerte Gedenktafel informiert darüber, dass die Kirche, die am 17. Januar 1944 durch alliierte Bombenangriffe halb zerstört wurde, von der Denkmalbehörde des Latiums wieder aufgebaut und im April 1953 der Öffentlichkeit wieder zugänglich gemacht wurde: Die Wiederaufbauarbeiten führten zur vollständigen Entfernung der barocken Elemente und zur Wiederherstellung der alten romanischen Struktur.
Von besonderem historischem Interesse ist das angegliederte Kloster, das heute Sitz des Militärbezirks Viterbo ist und im Laufe seiner Geschichte verschiedene Heilige, Päpste und Kaiser beherbergte; bis zur Enteignung im Jahr 1873 war es die Heimat der franziskanischen Theologischen Universität.
Die Basilika San Francesco alla Rocca wird seit vielen Jahrzehnten von den Minderbrüdern (O.F.M.Conv.) geleitet. Die Fassade zeigt ein romanisches Portal mit gedrehten Säulen; über dem Portal befinden sich die Wappen von Papst Pius XII., der der Kirche den Titel “Basilica minor” verlieh (1949); weiter oben sind noch drei schmale Fenster und ein Oculi angebracht.
Die ursprüngliche romanische Fassade hatte außerdem einen Portikus und war mit mehreren Fresken dekoriert. An der rechten Ecke befindet sich eine sechseckige Kanzel, die 1428 zum Gedenken an die Predigt von San Bernardino da Siena in Viterbo errichtet wurde. Die Kirche wird von einem Glockenturm mit einer Glocke aus dem Jahr 1259 begleitet.
