A Basílica de São Francisco alla Rocca foi construída a partir de 1237, em um terreno que o papa Gregório IX havia doado aos Franciscanos, e o pré-existente Palácio chamado dos Alemães, datado de 1208, foi incorporado ao complexo conventual anexo à igreja.
O edifício foi restaurado ao longo do século XVI e novamente no século XVII. Essas reformas trouxeram adições barrocas que cobriram os elementos românicos originais. Uma lápide fixada na fachada informa que a igreja, semi-destruída pelos bombardeios aliados em 17 de janeiro de 1944, foi reconstruída pela Superintendência de Monumentos do Lácio e reaberta ao público em abril de 1953: as intervenções de reconstrução levaram à remoção total dos elementos barrocos e ao restauro da antiga estrutura românica.
De particular interesse histórico é o convento anexo, hoje sede do distrito militar de Viterbo, que hospedou ao longo de sua história vários santos, papas e imperadores; até a desapropriação de 1873, foi sede da universidade teológica franciscana.
A Basílica de São Francisco alla Rocca é dirigida há muitas décadas pelos Frades Menores Conventuais (O.F.M.Conv.). A fachada apresenta um portal românico com colunas torcidas; acima do portal, as insígnias do Papa Pio XII, que concedeu à igreja o título de “basílica menor” (1949); mais acima, ainda, três janelas monofóricas e um óculo.
A fachada românica original tinha também um pórtico e era decorada com vários afrescos. No canto direito há um púlpito de planta hexagonal, erguido em 1428 em memória da pregação em Viterbo de São Bernardino de Siena. A igreja é ladeada por um campanário em formato de vela, com um sino datado de 1259.
