De Basiliek van San Francesco alla Rocca werd gebouwd vanaf 1237, op grond die paus Gregorio IX aan de Franciscanen had geschonken, en het bestaande Palazzo genaamd de Alemanni, daterend uit 1208, werd opgenomen in het aan de kerk grenzende kloostercomplex.
Het gebouw werd gerestaureerd in de loop van de 16e eeuw en opnieuw in de 17e eeuw. Deze herstellingen brachten barokke toevoegingen die de originele romaanse elementen bedekten. Een in de gevel ingemetselde steen meldt dat de kerk, half vernietigd door de geallieerde bombardementen van 17 januari 1944, werd herbouwd door de Monumentencommissie van Lazio en in april 1953 weer voor het publiek werd geopend: de herbouwingswerkzaamheden leidden tot de volledige verwijdering van de barokke elementen en het herstel van de oude romaanse structuur.
Van bijzonder historisch belang is het aangrenzende klooster, tegenwoordig het hoofdkwartier van het militaire district van Viterbo, dat in zijn geschiedenis verschillende heiligen, pausen en keizers heeft gehuisvest; tot aan de onteigening in 1873 was het de zetel van de Franciscaanse theologische universiteit.
De Basiliek van San Francesco alla Rocca wordt al decennialang beheerd door de Minderbroeders Conventuelen (O.F.M.Conv.). De gevel heeft een romaanse poort met gedraaide zuilen; boven de poort de wapenschilden van Paus Pius XII, die aan de kerk de titel “kleine basiliek” gaf (1949); hoger zijn nog drie eenruitsvensters en een oculus.
De originele romaanse gevel had ook een portiek en was versierd met verschillende fresco’s. Op de rechterhoek is er een zeshoekige preekstoel, opgericht in 1428 ter herinnering aan de prediking in Viterbo van San Bernardino da Siena. De kerk wordt geflankeerd door een klokkentoren met een klok gedateerd op 1259.
