La Basílica de San Francisco alla Rocca fue construida a partir de 1237, en un terreno que el papa Gregorio IX había donado a los Franciscanos, y el preexistente Palacio conocido como de los Alemanni, que data de 1208, fue incorporado al complejo conventual adyacente a la iglesia.
El edificio fue restaurado durante el siglo XVI y nuevamente en el siglo XVII. Estas remodelaciones añadieron elementos barrocos que cubrieron los originales elementos románicos. Una lápida empotrada en la fachada informa que la iglesia, semidestruida por los bombardeos aliados del 17 de enero de 1944, fue reconstruida por la Superintendencia de Monumentos del Lacio y reabierta al público en abril de 1953: las obras de reconstrucción llevaron a la eliminación total de los elementos barrocos y a la restauración de la antigua estructura románica.
De particular interés histórico es el convento anexo, hoy sede del distrito militar de Viterbo, que a lo largo de su historia ha albergado a varios santos, papas e imperadores; hasta la expropiación de 1873 fue sede de la universidad teológica franciscana.
La Basílica de San Francisco alla Rocca ha estado regida durante muchas décadas por los Frailes Menores Conventuales (O.F.M.Conv.). La fachada presenta un portal románico con columnas torsas; sobre el portal, las insignias de Papa Pío XII, quien otorgó a la iglesia el título de “basílica menor” (1949); más arriba hay tres ventanas monoforas y un óculo.
La original fachada románica también presentaba un pórtico y estaba decorada con varios frescos. En la esquina derecha hay un púlpito de planta hexagonal, erigido en 1428 para conmemorar la predicación en Viterbo de San Bernardino de Siena. La iglesia está flanqueada por un campanario de campana, con una campana fechada en 1259.
