Como outros museus científicos da Universidade de Roma, o museu de Anatomia Comparada “Battista Grassi” tem suas origens no museu de Mineralogia et Historia Naturalis que, em 1805, durante o Pontificado de Pio VII, foi montado no Achiginnasio da Sapienza.
Muitos dos itens expostos estão registrados no catálogo manuscrito datado por volta de 1850, conservado no Arquivo Estadual. Outros objetos são ainda mais antigos: eles provêm da celebrada coleção que o jesuíta Atanásio Kircher organizou por volta da primeira metade do século XVII no Collegio Romano e que foi desmontada após a confiscação dos bens eclesiásticos posterior à tomada de Roma.
A pertença à coleção Kircheriana é documentada através da descrição nos catálogos do Museu kircheriano que Bonanni compilou em 1709. São expostos grandes esqueletos de vertebrados, entre eles o de uma baleia-comum e de um cachalote. Uma sala é dedicada a uma coleção de instrumentos para a microscopia que vão do microscópio de Leeuwenhoek a modernos microscópios eletrônicos de transmissão e de varredura.
