Zijn oorsprong is zeer oud (1043-1053), ondanks dat het oorspronkelijke romaanse ontwerp door de eeuwen heen veel veranderingen heeft ondergaan.
Niet alleen vanwege de mooie eenbeukige kerk, waarvan het koor zestiende-eeuwse reliëfs toont over het leven van San Nicolò, en vanwege werken van Palma de Oude en Palma de Jonge, de elegante vijftiende-eeuwse kloostergang en de barokke klokkentoren, is het klooster beroemd omdat het sinds 1101, na een avontuurlijke diefstal in het Heilige Land en een eeuwenlange strijd met de Bariërs, de relicten bewaart van San Nicolò, bisschop van Myra en beschermheilige van zeevaarders.
Juist in het water voor het klooster vond vroeger, op de dag van de Sensa (Hemelvaart), het Huwelijk met de Zee plaats. Een ceremonie vol symboliek, tijdens welke de Doge een ring in zee wierp en zei: “Wij trouwen met jou, o zee, als teken van ware en eeuwige heerschappij”.
