De Abdij werd aan het einde van de 12e eeuw opgericht door Tancredi d’Altavilla, graaf van Lecce. De legende wil dat de Madonna aan Tancredi verscheen, tussen de horens van een hert, waar de naam (Cerrate of Cervate) vandaan komt.
De plaats was tot de 16e eeuw een belangrijk religieus en cultureel centrum en werd daarna omgevormd tot een boerderij. Het gebied waar de Abdij van Cerrate staat, werd in 1965 door de provincie Lecce verworven en bestemd als locatie voor het museum en het onderzoeks- en studiecentrum voor folklore en volks tradities van Salento.
