Over de geschiedenis van het klooster zijn we geïnformeerd door het Chronicon Vulturnense, een verlucht manuscript geschreven in 1130 door een monnik genaamd Giovanni, die op zijn beurt interne bronnen van het klooster uit de VIII-XI eeuw gebruikte. De stichting zou, volgens het Chronicon, dateren uit het begin van de VIIIe eeuw en zou te danken zijn aan drie edelen uit Benevento, Paldo, Taso en Tato, en hun zoektocht naar een plaats om zich aan het ascetische leven te wijden. Het gekozen gebied werd in de late Romeinse tijd bezocht, zoals blijkt uit de resten van een kerk en een begraafplaats uit de V-VI eeuw na Christus.
Een bijzonder belangrijk moment voor de monastieke gemeenschap is het jaar 787, toen Karel de Grote het klooster onder zijn directe bescherming stelde door een privilege uit te vaardigen met belasting- en gerechtelijke vrijstellingen en de gemeenschap toestemming gaf om hun eigen abt te kiezen zonder inmenging van andere kerkelijke autoriteiten.
Het belang van de abdij komt voort uit haar positie als voorpost, op de grens tussen het Longobardische hertogdom Benevento en de door de Franken veroverde gebieden, en wordt benadrukt in 849, toen het klooster van San Vincenzo al Volturno autonoom bleef, direct onder de keizerlijke autoriteit, na de verdeling van het hertogdom Benevento tussen de gebieden onder Salerno en Benevento.
Een moeilijke periode voor de monastieke gemeenschap was de tweede helft van de IXe eeuw vanwege de bewegingen van de Saracenen, die uitmondden in de aanval van oktober 881, die eindigde met een brand die het klooster ernstig beschadigde; na dit incident werden de overlevende monniken gedwongen zich te vestigen bij de Longobardische prinsen van Capua.
De heropbouw van het klooster vond pas plaats aan het einde van de Xe eeuw met hulp van de Duitse keizers, Otto II en Otto III. Aan het einde van de XIe eeuw, wegens de Normandische dreiging, werd het klooster verplaatst naar de rechteroever van de Volturno op een veiliger en beter verdedigbare plek (de zogenoemde “San Vincenzo Nuovo”).
In de loop van de XIIIe tot XV eeuw begon de achteruitgang en het uiteenvallen van het monastieke complex en haar landgoederen (die zich uitstrekten over Molise, Abruzzo, Lazio, Campania, Basilicata en Puglia), die in 1699, bij wil van de laatste abt Innico Caracciolo, onder de jurisdictie van de Abdij van Montecassino kwamen te vallen.
