La nascita della Biblioteca Vallicelliana di Roma è strettamente collegata alla figura di Filippo Neri e alla Congregazione dell’Oratorio. Istituita nel 1565 e riconosciuta ufficialmente da Gregorio XIII nel 1575 con la bolla Copiosus in misericordia. Gli oratoriani avevano una particolare attenzione per i libri: in base alla Regola i pasti dovevano essere infatti accompagnati dalla lettura e dalla discussione di un testo religioso.
La prima raccolta libraria è costituita dalle opere possedute da Filippo Neri, passate nel patrimonio della Congregazione alla sua morte, nel 1595.
La Biblioteca Vallicelliana è già documentata nel 1581 grazie al lascito testamentario di Achille Stazio (Aquiles Estaço) a favore di Filippo Neri e della Congregazione dell’Oratorio: 1700 volumi a stampa e 300 manoscritti.
Ai primi due fondi si aggiungono successivamente altre donazioni, quali l’Archivio e parte della Biblioteca di S. Giovanni in Venere (1585); la biblioteca del cardinale Silvio Antoniano, i libri di Pierre Morin e quelli dell’oratoriano Giovenale Ancina, vescovo di Saluzzo (1604); i manoscritti provenienti da S. Eutizio, grazie all’intervento dell’abate Giacomo Crescenzi, e la raccolta del padre Antonio Gallonio, primo biografo di Filippo Neri (1605).
La fase di maggiore attività culturale della comunità oratoriana nel XVII secolo è legata alla pubblicazione degli Annales Ecclesiastici di Cesare Baronio, della Roma sotterranea di Antonio Bosio curata da padre Antonio Severano e alla diffusione dell’Oratorio musicale, forma d’intrattenimento spirituale prediletto da Filippo Neri che considerava la musica pescatrice di anime.
Nel 1607, alla morte del cardinale Cesare Baronio, una parte della sua raccolta libraria viene ereditata dalla biblioteca della Congregazione; nel 1662 perviene il fondo di Virgilio Spada, costituito da una collezione di monete, minerali, maioliche e curiosità.
In 1669, the manuscript collection of the Greek intellectual Leone Allacci, custodian of the Vatican Library, consisting of about 237 Latin and Greek manuscripts, passed to the Library. Subsequently, the bequests of the Oratorian fathers Odorico Rinaldi, Giacomo Laderchi, Giuseppe Bianchini, heir of the scholar Francesco Bianchini, were incorporated.
During the French occupation of Rome (1797-1799), the Library suffered, like other places, a serious looting: in 1810, 49 relics were lost, partly recovered in the years 1837-38.
In 1874, following the law on the suppression of religious Corporations, the Vallicelliana was transformed into a public law library; in 1876, the liquidating board of the Ecclesiastical Estate decided to divide the Congregation’s documents among the State Archive of Rome, the Congregation itself, and the Library.

