Ядро изначальной коллекции составляла библиотека аббата Франческо, который, скончавшись в Риме в 1703 году, распорядился, чтобы его книжная коллекция, хранившаяся в палаццо на улице Кондотти, была предназначена для создания публичной библиотеки во Флоренции, где на момент его смерти не существовало такого учреждения.
Было построено новое здание, и не прибегали к адаптации уже существующего помещения, как это было с многими библиотеками, открытыми в XVII-XVIII веках.
Строительство осуществил племянник основателя, Алессандро Маруселли, который также пожертвовал свои книги и назначил библиотекарем Анджело Марию Бандини, который руководил библиотекой около пятидесяти лет. Среди библиотекарей, сменявших друг друга на посту руководителя учреждения, стоит отметить Франческо Дель Фурия, Гвидо Бьяджи, Дезидерио Килови и Энрико Яьер, которые благодаря своей компетенции и деятельности имели значительное международное признание.
При руководстве Бандини в 1783 году в Маруселлиану вошла коллекция рисунков и гравюр, собранная последним представителем семьи, Франческо ди Руберто. Другие значительные пополнения поступили в библиотеку после упразднения монастырей, великов княжеских и наполеоновских, а также после упразднения в 1866 году в первые годы объединения Италии. Это увеличение позволило пополнить библиотеку большинством инкунабул и книг XVI века, которым она сегодня располагает.
Во второй половине XIX века и в начале следующего столетия в библиотеку поступали и формировались различные коллекции исторического, художественного, литературного и политического характера, такие как наследие Мартелли, коллекция Бонамичи, переписка Ненчони, промышленное искусство и др.
Вследствие закона 1910 года, который установил обязательный депозит печатных изданий, в Маруселлиану стали поступать издания, напечатанные в четырёх округах провинции Флоренция, Пистоя, Сан-Миниато и Рокка-Сан-Кашано. По настоящее время библиотека является получателем произведений, напечатанных во Флоренции и провинции.
