Como otros museos científicos de la Universidad de Roma, el museo de Anatomía Comparada “Battista Grassi” tiene sus orígenes en el museo de Mineralogía e Historia Natural que en 1805, durante el Pontificado de Pío VII, se estableció en el Achiginnasio de la Sapienza.
Muchas de las piezas expuestas están registradas en el catálogo manuscrito datable alrededor de 1850, conservado en el Archivo de Estado. Otros objetos son aún más antiguos: provienen de la célebre colección que el jesuita Atanasio Kircher organizó alrededor de la primera mitad del siglo XVII en el Collegio Romano y que fue desmembrada tras la confiscación de los bienes eclesiásticos después de la toma de Roma.
Su pertenencia a la colección kircheriana está documentada a través de la descripción en los catálogos del Museo kircheriano que Bonanni compiló en 1709. Hay exhibidos grandes esqueletos de vertebrados, entre los que se incluyen una ballena común y un cachalote. Una sala está reservada a una colección de instrumentos para la microscopía que van desde el microscopio de Leeuwenhoek hasta modernos microscopios electrónicos de transmisión y de barrido.
