Comme d’autres musées scientifiques de l’Université de Rome, le musée d’Anatomie Comparée “Battista Grassi” puise ses origines dans le musée de Minéralogie et d’Histoire Naturelle qui, en 1805, sous le pontificat de Pie VII, fut installé à l’Achiginnasio de la Sapienza.
Beaucoup des pièces exposées sont enregistrées dans le catalogue manuscrit datant d’environ 1850, conservé aux Archives d’État. D’autres objets sont encore plus anciens : ils proviennent de la célèbre collection que le jésuite Athanase Kircher organisa vers la première moitié du XVIIe siècle au Collège Romain et qui fut dispersée suite à la confiscation des biens ecclésiastiques après la prise de Rome.
L’appartenance à la collection kircherienne est documentée par la description dans les catalogues du Musée kircherien que Bonanni établit en 1709. On y expose de grands squelettes de vertébrés, parmi lesquels ceux d’une baleine commune et d’un cachalot. Une salle est réservée à une collection d’instruments pour la microscopie allant du microscope de Leeuwenhoek à des microscopes électroniques à transmission et à balayage modernes.
