Le sue origini sono antichissime (1043-1053), nonostante il primitivo impianto romanico abbia subito nei secoli molti rimaneggiamenti.
Oltre che per la bella chiesa a navata unica, il cui coro sfoggia rilievi seicenteschi sulla vita di San Nicolò, per le opere firmate Palma il Vecchio e Palma il Giovane, l’elegante chiostro cinquecentesco e il campanile barocco, il convento è celebre perché conserva dal 1101, dopo un avventuroso trafugamento in Terrasanta e una millenaria contesa con i baresi, le reliquie di San Nicolò, vescovo di Myra e patrono dei naviganti.
Proprio nelle acque antistanti, si svolgeva un tempo, nel giorno della Sensa (l’Ascensione), lo Sposalizio del Mare. Una cerimonia carica di simbologie, durante la quale il Doge gettava in mare un anello dicendo:”Noi sposiamo te, o mare, in segno di vero e perpetuo dominio”.
