Le palais se compose de trois grandes ailes qui intègrent et unifient des bâtiments antérieurs : l’aile donnant sur le Bacino di San Marco (où se trouve la Salle du Grand Conseil) est la plus ancienne et a été reconstruite à partir de 1340 ; l’aile côté Piazza (ancien palais de justice), où se tient la Salle du Scrutin, fut réalisée selon ses formes actuelles à partir de 1424 ; de l’autre côté, l’aile Renaissance accueille la résidence du doge ainsi que de nombreux bureaux du gouvernement, entièrement remaniée entre 1483 et 1565.
L’accès au public au Palais des Doges se fait par la Porta del Frumento, appelée ainsi car elle jouxtait autrefois le « Bureau des Grains » ; cette porte s’ouvre sous l’arcade du XIVe siècle faisant face au Bacino di San Marco. Le rez-de-chaussée accueille les services aux visiteurs et le Musée de l’Œuvre ; l’ancienne cuisine du doge, aujourd’hui équipée en café, héberge également des expositions temporaires.
La visite vers les étages supérieurs commence par la cour spectaculaire, se poursuit avec le Piano delle Logge, avant d’aborder les précieuses pièces de l’Appartement du Doge au premier étage, puis les Salles Institutionnelles, réparties entre le deuxième étage et le Piano delle Logge, et s’achève par la découverte de l’Armurerie et des Prisons.
Voici les principaux itinéraires proposés par le musée, qui n’empruntent pas un parcours linéaire à travers chaque étage, mais tracent une visite qui monte, descend et traverse plusieurs fois l’ensemble du bâtiment. La numérotation des salles suit cette logique. Il existe également des Itinéraires Secrets, accessibles uniquement dans des conditions spéciales et en dehors du parcours classique.

