国立医学图书馆成立于1925年1月31日，肩负着从医学各个分支收集书目资料的机构职责。图书馆的成立文件由公共教育部、罗马皇家大学以及圣斯皮里托暨联合医院慈善机构管理方共同签署。
1925年2月26日开馆当天，维托里奥·阿斯科利教授将该图书馆作为翁贝托一世综合医院科研的重要补充进行了介绍。
图书馆在1975年前隶属于公共教育部。1975年文化和环境遗产部成立后，图书馆划归该部门管理，保持其专业特色。
初始藏书来源于兰奇西亚纳图书馆、医学学院及亚历山大图书馆的馆藏，并且通过著名学者卡西米罗·马纳塞伊、路易吉·加拉西和费利切·拉托雷的捐赠得到了丰富。
由于空间不足，过时的书目资料保存在外部仓库。
图书馆持续整合和更新各医学学科知识，并致力于收集医学院考试用教材。2016年，图书馆搬迁至罗马国家中央图书馆内。
