Van de eerste versie van het paleis is kostbare documentatie achtergelaten door Pier Paolo Rubens, die de gravure van de gevel opnam in het boek I palazzi di Genova dat hij in 1622 in Antwerpen publiceerde.
Dankzij deze bron is het oorspronkelijke verband tussen de twee vleugels van het paleis met een open loggia gedocumenteerd, die halverwege de zeventiende eeuw werd gesloten en, overeenkomend met de tweede verdieping, met een terras waarop in 1734 de galerij van spiegels werd gebouwd. Ook is de oorspronkelijke fresco-decoratie met neparchitecturen te zien, waarvan recent enkele fragmenten zijn teruggevonden, waaruit kan worden afgeleid dat er een continuïteit is in het ontwerp tussen de buitengevels en de fresco-decoratie die zichtbaar is in de zalen van de eerste nobele verdieping. Het museum is ontstaan met de schilderijen, het meubilair, het keramiek, het zilver, de boeken en gravures die de markiezen Paolo en Franco Spinola in 1958 als schenking aan de Italiaanse staat hebben gegeven, samen met het eeuwenoude familiepaleis waarvan dit deel het erfgoed vormde. Voorwaarde van de schenking was het behoud van het karakter van een woonhuis, met uitzondering van de bovenste twee verdiepingen.
Hier, bewust dat de oorlogsschade het historische uiterlijk had gewist en deze voorwaarde dus niet meer van toepassing was, stelden zij voor een ander soort museum in te richten, de toen nog op te richten Nationale Galerij van Ligurië.
Zoals voorzien in hun intenties, werd dit deel van het paleis in 1993 geopend om het publiek kennis te laten maken met de kern van de werken die nu het museumbezit verrijken, bestaande uit staatsaankopen die complementair waren aan de schenking van de Spinola’s.
