De erfgenaam Luca Pertusati besloot om de boekenverzameling van wijlen, bestaande uit meer dan 24.000 volumes, die voornamelijk behoorden tot het historisch-wetenschappelijke en literaire interessegebied, over te dragen aan de Staatscongregatie om het cadeau te doen aan aartshertog Ferdinand, de derde zoon van keizerin Maria Theresia en Frans I en toekomstige gouverneur van Lombardije.
In 1770, vanwege het ontbreken in Milaan van “een bibliotheek die voor algemeen gebruik openstaat voor degenen die hun intellect verder willen ontwikkelen en nieuwe kennis willen vergaren”, besloot Maria Theresia om de Pertusati-bibliotheek, naar behoren uitgebreid, beschikbaar te stellen voor het publiek, op voorwaarde dat er een geschikte locatie werd gevonden dicht bij het stadscentrum.
Deze locatie werd pas in 1773 beschikbaar, na de ontbinding van de Sociëteit van Jezus, waardoor de staat het paleis van het jezuïtencollege in Brera kon verwerven, gebouwd op het terrein van het dertiende-eeuwse klooster van de Umiliati. De middeleeuwse Latijnse term “Braida”, die later evolueerde tot “Brera”, gaf de bibliotheek haar naam, die dus de huidige naam Braidense kreeg. De daadwerkelijke opening voor het publiek vond pas plaats in 1786.
De opheffing van de Sociëteit van Jezus stelde de staat ook in staat om de boekenverzamelingen van het Braidense College en de jezuïetenhuizen van San Fedele en San Girolamo te verkrijgen, die samen met de Pertusati-collectie de kern van de bibliotheek vormden.
In 1778 werd vervolgens de verzameling van de arts Albrecht von Haller uit Bern gekocht, rijk aan waardevolle wetenschappelijke teksten. Hieraan werden de verzamelingen van graaf Firmian, kardinaal Angelo Maria Durini en kolonel Baschiera toegevoegd. Later werden ook fondsen uit oude kloosterbibliotheken opgenomen. Daarnaast werden de duplicaten van de Keizerlijke Bibliotheek van Wenen aan de Braidense toegewezen.
Uit de Napoleontische tijd herinneren we ons de verwervingen van de belangrijke Bibliotheek van het College van Juristen en die van de familie Scaccerni uit Ferrara, rijk aan Griekse en Latijnse klassiekers. Vanaf het begin werd de collectie continu uitgebreid door de verplichte depotregeling in de Bibliotheek van Brera, waarbij alle in de Staat Milaan gepubliceerde werken moesten worden gedeponeerd.
In 1802 kreeg de Braidense de status van “nationaal”. Gedurende de 19e eeuw werden andere fondsen toegevoegd aan het erfgoed van de Braidense (door Ermes Visconti gedoneerde volumes, verzameling van het Koninklijke Numismatische Kabinet, Mortara Bodoniana-collectie, Lattes-verzameling van werken over Joodse cultuur, een deel van de manuscripten en drukken verzameld door Carlo Morbio, het Vieusseux-miscelanea en de bibliotheek van Cesare Correnti).
In 1891 werd de dramatische collectie van Corniani Algarotti aangekocht en in 1895 kwam de erfenis van De Capitani D’Arzago erbij. Het speciale Manzoniaanse fonds werd in 1885 geschonken door Pietro Brambilla en wordt continu uitgebreid (manuscripten, Manzoniaanse relikwieën, correspondentie, diverse door Manzoni geposteerde boeken, bijna alle edities van Manzoniaanse werken en kritiekonderzoek over Manzoni).
Onder de in de 20e eeuw binnengekomen collecties moeten we de Novati-bibliotheek, de liturgische bibliotheek van de hertogen van Parma, de schaakverzameling, het Castiglioni-fonds en het Sommariva-fotografische fonds noemen.
