Наследие музея было упорядочено Тито Аззолини в 1894 году в двух залах на первом этаже Фаббрикерии базилики Сан Петронио, где в XVI веке была выставлена оригинальная коллекция, состоящая из проектов по завершению фасада, предложенных Перуцци, Джулио Романо, Виньолой, Кристофоро Ломбардом, Доменико Тибальди, Палладио и Террибилией.
В том же отделе были представлены деревянная модель Арригутци 1513 года, две деревянные и штукатурные модели центрального свода, выполненные Флориано Амбросини в 1592 году. Помимо документации о строительстве Сан Петронио, музей хранит произведения искусства, литургические предметы, музыкальные сборники и миниатюры антифонариев.
Особым ценным являются хоралы Мартино да Модена, Дж.Б. Каваллетти и Таддео Кривелли (XV-XVI века); четыре рельефа Проперции де Росси (1525), мраморная статуя “Св. Прокла”, верхняя часть которой выполнена Альфонсо Ломбарди, а также инструменты для солнечных часов Кассини (1655), отреставрированные Эустакио Цанотти.
Среди декоративных изделий особого внимания заслуживают два ларца мастерской Эмбриахи (XV век) и серебряный чеканный крест-буст, изготовленный болонцем Баттистой дель Гамбаро (1547), а также ценные реликварии, включая Реликварий Святой Росалии и Святого Антония Падуанского. На первом этаже Фаббрикерии находится архив знаменитой Музыкальной Капеллы Сан Петронио с рукописями от XV до XVIII века. На втором этаже хранятся две доски Симоне деи Крокефисси, фрагменты фресок и план базилики, приписываемый Арригутци.
