Mencionada na Tabula Peutingeriana (um mapa com itinerários rodoviários da época tardo imperial) e lembrada não só por Estrabão, mas também por Donato, Sêneca, Petrônio e Eusébio, a galeria foi escavada inteiramente no tufo com um comprimento de 705 m, largura original de 4,50 m e altura de cerca de 5 m, iluminada e ventilada por dois poços de luz oblíquos.
A pouca visibilidade dentro da estrutura levou já durante o vice-reinado espanhol à criação de um sistema de iluminação composto por lanternas sustentadas por cordas esticadas entre postes; em 1806, com José Bonaparte, foram instaladas duas filas de lanternas mantidas acesas constantemente, enquanto a partir de meados do século XIX começaram a ser usadas lanternas a gás, uma das quais, do final do século, foi encontrada nas recentes obras de reestruturação.
Em consequência das obras de alargamento e abaixamento do plano viário, bem como do pavimento executadas em várias fases por Alfonso de Aragão em 1455, por dom Pedro de Toledo em 1548, por Carlos de Bourbon em 1748 e pela Prefeitura de Nápoles em 1893, a gruta perdeu grande parte de sua antiga fisionomia.
Ao lado da entrada são visíveis duas nichos pintados: o da esquerda com uma representação da Madonna com o Menino datável do século XIV, o da direita com o rosto do Onipotente de data incerta. Petrarca no Itinerarium Syriacum lembra uma pequena capela chamada de Santa Maria dell’Idria, construída por um eremita bem próximo à entrada da gruta.
Durante a restauração aragonesa ou no decorrer das obras executadas na época do vice-reinado espanhol, foi descoberto o baixo-relevo em mármore branco com a representação de Mitra datado entre o final do século III e o início do século IV d.C., conservado no Museu Arqueológico Nacional de Nápoles.
Testemunhos relativos ao deus oriental Mitra são conhecidos na Campânia desde o século II d.C., em contraposição ao cristianismo cada vez mais difundido; a presença do relevo na Crypta levou a hipótese de que se trate de um local de culto mitraico: o mitreu é geralmente identificado no spelaeum, a caverna cósmica, dentro da qual, desde os testemunhos iconográficos mais antigos, é representado o sacrifício do touro.
É provável que os cultos mistéricos tenham influenciado bastante a superstição popular, que sempre associou à gruta algo misterioso e mágico, a ponto de atravessá-la ileso ser considerado um verdadeiro milagre.
 também criador do Portus Iulius, da "Gruta de Cocceio" e da Crypta romana em Cuma.){kind=link}