Net als andere wetenschappelijke musea van de Universiteit van Rome vindt het museum voor Vergelijkende Anatomie “Battista Grassi” zijn oorsprong in het Museum voor Mineralogie en Natuurhistorie dat in 1805, tijdens het pontificaat van Pius VII, werd opgezet in het Achiginnasio van de Sapienza.
Veel van de tentoongestelde stukken zijn geregistreerd in het handgeschreven catalogusboek dat dateert uit ongeveer 1850 en bewaard wordt in het Staatsarchief. Andere objecten zijn zelfs nog ouder: deze komen uit de beroemde collectie die de jezuïet Athanasius Kircher organiseerde rond het eerste halfjaar van de zeventiende eeuw aan het Collegio Romano en die werd ontmanteld na de confiscatie van kerkelijke goederen na de val van Rome.
Hun toebehoren aan de Kircher-collectie is te documenteren via de beschrijving in de catalogi van het Kircher-museum die Bonanni in 1709 samenstelde. Er worden grote schedels van gewervelden tentoongesteld, waaronder die van een gewone vinvis en een potvis. Een zaal is gereserveerd voor een collectie microscopie-instrumenten die variëren van de microscoop van Leeuwenhoek tot moderne transmissie- en scanning-elektronenmicroscopen.
