El pasillo a través del cual se accede a los cuatro espacios del cementerio presenta en la entrada la inscripción Nosotros éramos como vosotros y vosotros seréis como nosotros. En cada una de las salas se reúnen los huesos de unos cuatro mil frailes que murieron en Roma en un período que va desde el siglo XVI hasta 1870. Los huesos están dispuestos formando guirnaldas y elementos decorativos, mientras que algunos esqueleto están vestidos con los hábitos de los frailes y colocados en nichos también compuestos por huesos.
Se piensa que la realización de estas criptas se debe a un francés que escapó del período del Terror en el siglo XVIII y que, una vez llegado a Roma, quiso de esta manera exorcizar y poner simbólicamente fin al Antiguo Régimen. Algunos, en cambio, ven en ellas una huella masónica, mientras que es posible que solo sea una obra de los capuchinos como advertencia sobre la brevedad de la vida y del cuerpo. Se dice además que la tierra que se encuentra en el suelo de las salas proviene de Tierra Santa.
