Como parte de un amplio programa de reorganización de los museos de Florencia y la redistribución de las colecciones de la Galería de los Uffizi, el Museo (instituido por Real Decreto el 17 de marzo de 1870) fue inaugurado por el rey Víctor Manuel II el 12 de marzo de 1871 en el llamado “Cenacolo di Foligno”, en vía Faenza, con las colecciones del Museo Etrusco, que incluía también antiquidades griegas y romanas de las colecciones mediceas y lorenas.
En la misma sede de vía Faenza ya se había instalado en 1855 el Museo Egipcio, segundo en Italia solo tras el de Turín, que contaba con algunas antigüedades ya presentes desde el siglo XVIII en las colecciones mediceas, pero ampliamente incrementado gracias al gran duque de Toscana Leopoldo II, quien, además de adquirir colecciones privadas, financió—junto a Carlos X, rey de Francia—una expedición científica a Egipto dirigida por Jean-François Champollion, el descifrador de los jeroglíficos, y su amigo y discípulo pisan Ippolito Rosellini, considerado el padre de la egiptología italiana. Los numerosos objetos reunidos tanto durante las excavaciones como a través de compras a comerciantes locales, fueron divididos equitativamente al regreso entre el Louvre de París y Florencia.
El aumento de las colecciones pronto hizo insuficientes los espacios de vía Faenza, por lo que en 1880 el Museo Arqueológico se trasladó a su actual sede en el Palacio della Crocetta, restaurado y ampliado en 1619-20 por Giulio Parigi como residencia para Maria Maddalena, hermana del Gran Duque Cosimo II de’ Medici. Entre este palacio y la iglesia de la SS. Annunziata se construyó un pasadizo para que la princesa, descrita por Giorgio Vasari como “de complexión muy disminuida”, pudiera asistir a los oficios religiosos sin ser vista.
El Museo Egipcio, reorganizado a partir de 1880 por el egiptólogo piamontés Ernesto Schiaparelli (futuro director del Museo Egipcio de Turín), se trasladó aquí en 1883 y se inauguró en presencia de los reyes Humberto y Margarita de Saboya, como recuerdan las inscripciones jeroglíficas en las salas I y II.
Con Schiaparelli, las colecciones florentinas crecieron significativamente, gracias a sus excavaciones y adquisiciones en Egipto antes de mudarse a Turín. El último gran grupo de objetos llegados al Museo Egipcio de Florencia procede de donaciones privadas e instituciones científicas, entre ellas el Instituto Papirológico Florentino, con materiales hallados en excavaciones en Egipto entre 1934 y 1939, que incluyen una colección de tejidos coptos considerada entre las más ricas e importantes del mundo.
En la primera década, Luigi Adriano Milani, nombrado director del Museo Arqueológico en 1884, diseñó la nueva disposición de las colecciones utilizando el criterio expositivo tipológico para las antiguas colecciones, ya usado en vía Faenza, remarcando la evolución artística, y agrupando tanto colecciones privadas como hallazgos ducales. Para los objetos de nuevas excavaciones utilizó un método histórico, iniciando así el germen del futuro museo topográfico en la planta baja. Su objetivo de trasladar todas las esculturas antiguas de jardines y palacios florentinos al museo solo se consiguió en parte, exponiéndose lo obtenido en los arcos del corredor mediceo y en el jardín.
Entre 1890 y 1898 llegaron desde los Uffizi importantes bronces etruscos, griegos y romanos, así como numerosos “bronzetti” griegos y romanos de las colecciones mediceas y lorenas (1890), además de la colección numismática (1895) y la de glíptica (1898).
En el patio del palacio se colocaron los restos de monumentos romanos hallados durante las obras de remodelación del centro de Florencia a finales del siglo XIX.
El 5 de mayo de 1898 se inauguró la sección del Museo Topográfico de la Etruria, realizada por Luigi Adriano Milani. A través de 17 salas, se ilustraba la historia de los etruscos con materiales descubiertos en excavaciones del antiguo territorio etrusco. En el Jardín histórico, abierto al público en 1902, se reconstruyeron, con materiales originales, algunas tumbas monumentales, mostrando los principales tipos arquitectónicos funerarios usados por los etruscos.
Tras la muerte de Milani, la labor continuó con Antonio Minto, quien transformó la museografía del Palacio della Crocetta y habilitó la segunda planta, que hasta 1925 acogía tapices y tejidos antiguos. Allí se instalaron colecciones de cerámica griega, etrusca y romana, terracotas etruscas, la gipsoteca y la Galería Real de Pintura Etrusca, con facsímiles realizados por Gatti desde 1899.
El Museo Topográfico se amplió progresivamente hasta sumar 52 salas. En 1942 se adquirió parte del Palacio degli Innocenti, donde se hizo el nuevo ingreso desde la plaza SS. Annunziata, pero los dos pisos superiores, aunque renovados, nunca se destinaron a exposiciones. Desde sus inicios, y como lamentaba Minto, la falta de espacio ha sido el gran problema de este museo, agravado por la escasa atención local respecto a un pasado medieval y renacentista más valorado.
La inundación de 1966 destruyó por completo el Museo Topográfico. Actualmente, más de cien mil piezas de gran valor están almacenadas y solo se pueden ver en exposiciones temporales por falta de espacio.
Hoy, en el Museo Arqueológico Nacional de Florencia es posible admirar buena parte de las antiguas colecciones medicea-lorena (cerámicas, bronces, esculturas, incluido el Monetiere, una de las mayores y más prestigiosas colecciones de monedas y gemas antiguas del mundo), el Museo Egipcio (incluida una selección de tejidos coptos), parte de la sección topográfica con importantes complejos funerarios etruscos, el jardín monumental y una extensa selección de vasos griegos hallados en tumbas etruscas (y otros sitios), entre ellos el célebre Vaso François, conocido internacionalmente.
